大脑的很多意识活动和思考方式都是遗传物质DNA决定的，但基因并不能决定所有。
决定和影响大脑基本结构和功能的基因
决定大脑基本构造的基因赋予或限制了大脑的思考方式人类的大脑是大猩猩的3倍，进化出了很多大猩猩没有的脑区，比如语言区。人类最显著的能力就是语言。我们绝大多数思考和记忆都是用语言进行的。比如买了6个鸡蛋，每个8毛钱，我应该付多少钱呢？我们调用了记忆里的乘法口诀，六八四十八。这里的思维和记忆都是语言形式的。动物没有语言，无法用语言去思考，只能借助其他方式。动物与人思考方式的不同是由DNA决定的。
老鼠、猴子和人脑大小比较大脑里数以亿记的神经元组成了复杂的神经网络，这是人类各种技能和思考的物质基础。而神经网络的基本结构和性质都是基因决定的。
长期记忆的形成需要神经元生成新的蛋白，神经元之间形成新的突触，这些都需要DNA的转录表达。
致病基因有些变异基因会改变大脑的结构，比如导致抑郁症、孤独症、21三体综合征等变异基因，会影响人的智商、思维。
抑郁症决定本能心理的基因
一个明显的例子是人类的择偶策略。男人永远喜欢年轻漂亮、肤白貌美的女人，因为这样的女人更具生育价值。女人喜欢身体强壮、有钱有势的男人，因为这样的男人占据更多的资源。再比如性嫉妒心理，当我们看到妻子或女朋友跟别的男人谈笑风生有肢体接触的时候，嫉妒心油然而生，是不由自主的。还有我们对待亲生子女和外甥侄子的思考方式也是不同的。这些进化来的心理策略都是基因决定思考方式的例子。
性嫉妒进化来的心理策略可能比我们想象的要多的多。生理上，我们有庞大且专门化的器官组织(如肺、肝、心、肾、皮肤等)去应对庞大且细化的生存环境压力。心理上也很有可能是一样的，我们会进化出很多心理反应去专门应对进化中频繁出现的场景。而这些进化出来的心理都是细微精巧的脑回路决定的，也是DNA决定的。
一般性机制的基因赋予大脑自由
如果我们所有的思考方式都是进化而来的，我们就无法面对新的问题。但如今很多问题都是进化中从来没见过的，我们依旧可以处理的游刃有余，甚至创造性地解决。这说明有一般性的能力或者脑结构，允许我们处理新的问题，生成新的思路。比如，可塑性、智力、工作记忆、类比推理等等。有了工作记忆这个容器，我们可以放数字、字母、公式等任何放得下的东西，只要我们愿意。有了智力和推理能力，我们可以推导数学公式、也可以编写代码、解决物理问题等，这些学科需要不同思维方式。
科学DNA给了我们一般化的能力，我们可以用来思考多种多样的事情。DNA是无法限制我们用一般化能力来思考什么问题、进行什么意识活动的。
总结
基因决定了大脑结构，决定了人类思考问题的基本方式（比如用语言思考），并且基因进化出了许多心理机制，会让我们程序化的产生某些想法（比如择偶、性嫉妒）。所以基因可以决定我们很多思维方式，甚至决定了绝大多数。但基因也让大脑有了一般性的机制，大脑可以在一般性的机制基础上去做各种各样的思维、推理和创造。
